2006年9月25日，中国种子协会公布了中国种业五十强企业的评选名单(中种协[2006]14号)，中国种子集团公司再次入选中国种业五十强并继续蝉联榜首。中国种子集团公司此次入选充分说明作为中央直属的唯一大型国有种子企业在行业中所具有的广泛影响力以及在农民中所具有的良好的企业信誉度。

　　中国种业五十强企业评选活动是中国种子协会按照农业部的有关精神对中国种子企业的整体实力的评估，在国内外具有重要的影响。评选根据企业评价指标体系，以种子企业的新品研发、生产的标准化及营销网络三大体系的建设及管理整合能力为基本考察点，通过企业运行和发展的规模性、收益性、成长性、创新性及种子质量保证体系建设等五个方面进行评定。此次评选经过各省种子管理站的推荐和评定，共有83家种子企业进入“中国种业50强”的候选名单。按照企业申报、省级初审、指标评价、行业互评、专家评议的程序，最终评选出中国种子集团公司等50家企业为“2006年中国种业五十强企业”。在此前2002年组织的中国种业百强评选及2004年组织的中国种业50强评选中中国种子集团公司均位居榜首。

　　中国种子集团公司将一如既往，以“发展种业，服务人民”为企业宗旨，努力实现“为农民提供优良品种与技术服务；为合作者提供合理商业利益；为投资者创造最大企业价值；为员工创造长期发展的事业平台”的企业使命。继续加大科研力度重视自有品种的研发，为农民提供更多的优质高产的种子。继续发挥央企的行业主导作用，为我国种业的战略安全承担重任，为我国的农业发展做出应有的贡献。