在新的世纪之初，伴随着中国加入WTO，中国种业开始大踏步融入全球经济一体化的潮流，在汹涌的大潮面前，国有种子公司面临着严峻的考验。
国有种子公司正经受着前所未有的巨大冲击
《中华人民共和国种子法》的颁布实施，给我国种子产业的市场化奠定了坚实的法律基础，这标志着计划经济条件下形成的主要农作物种子按行政区域统供的体制宣告结束，国有种子公司从整体上失去了区域分割、地方保护、垄断经营的一统地位，受到来自各方面的冲击。
首先，生产经营受到限制。主要农作物种子生产经营不再由政府指定单位进行，而是实行了市场准入的许可制度，具备条件的组织和个人都可以从事这项业务，同时，提高了进入的门槛，注册资金有了比较高的要求，生产经营所需要的加工、检验、仓贮等硬件和人员条件都有了具体的规定，全国近3000家国有种子公司中约有70%的达不到要求的条件，如果没有资金的注入，将失去主要农作物的生产经营权。
其次，管理权被剥夺。国有种子公司与种子管理站一套人马二块牌子三位一体的组织形式被取消，要全面实行企业化管理，“既当裁判员又当运动员”成为历史，大家必须接受市场的选择。
第三，失去了新品种的无偿使用权。植物品种权受到法律的保护，生产经营农作物新品种要经品种权人的许可，国家投资，农科院所育种，种子公司生产经营的情形将不复存在。
第四，外行业资本大量进入种子行业。近几年在其它行业得到发展的许多企业看中了种子行业这块市场经济尚未充分开垦的处女地，纷纷出资进入种子生产经营领域，它们把其它行业市场运作的成功经验带入种子行业，全力构筑现代种业市场机制，成为种子行业迅速崛起的一支重要力量。
第五，民营公司开始发展。在种子市场放开的同时，民营经济的法律地位也进一步明确，一些过去早已起步的民营性质的公司如鱼得水，许多原国有公司的骨干纷纷下海借势创业，给种子行业带来无数亮点。
第六，国外公司进入中国。在市场的转轨期，国际跨国公司加快了在中国的工作节奏，准备在这最后一块尚未全面开放的最大的种子市场上大显身手，对我国种子产业的影响日益增大。
面对这些冲击，国有种子公司纷纷寻找自己的出路。有的进行股份制改造多元化发展，有的拼凑资产扩大规模，有的相互联合保留资格，有的寻找靠山甘当代理，有的破产拍卖转为民营，有的改变身份退出行业，有的化整为零自找出路，有的则观望等待以不变应万变。大家在进行着各种各样的尝试，迫切想走出一条国有种子企业生存与发展的道路。
国有种子公司发展壮大困难重重
在这新的历史发展时期，摆在国有种子公司面前的首要任务应该是：在生存的基础上，寻求新的迅速发展与进一步壮大的途径。近几年来，国有种子公司在实行政事分开，推进现代企业制度建设，加快技术创新等方面大胆实践、积极探索，取得了许多成功的经验和突破，然而，长期计划经济条件下形成的体制，使国有种子公司在改革的过程中困难重重，面对着许多难以解决的问题。
1、国有种子公司数量多、规模小、经营项目小而全，没有自己的特色。全国近3000家国有种子公司经营额总和还不及国外一家跨国公司的经营额高，绝大部分国有种子公司基本上都在少数主要农作物种子生产经营方面活动，缺少自己的特色，缺乏产品竞争优势。多数公司很难达到国家规定的主要农作物种子生产经营条件，品种开发能力、市场竞争能力和抗御风险的能力明显不足。
2、条块分割力量分散。国有公司主要有三种类型，其中，一是各级农业部门所属的种子公司，二是农业系统内部其他单位，如良种场、农场等办的种子公司，三是农业院校和科研院所办的种子公司。这些公司分别隶属各自的主管部门，条块分割，在资产、业务等方面相互独立，互不关联，缺乏整体的竞争优势。
3、机制僵化、体制落后。国有种子公司大都是由事业单位转变而来，有些还是从行政部门演变而来，一些虽实行了企业化经营，但还保留着事业单位的性质，在组织管理上有十分明显的行政事业色彩，公司领导由上级领导部门任命，工作人员由上级人事部门分配，工资级别由上级劳资部门确定，公司既没有人事权又没有分配权，想要的人进不来，多劳不能多得，即使开展业务工作，许多还的向上级请示，管事的人多，负责任的人少，根本无法适应激烈的市场竞争。
4、人浮于事，人才短缺。前些年，由于垄断经营，国有种子公司在各地都成了好单位，于是，有着各种关系的人，从事各行各业工作的人都进了种子公司，许多小小的县级种子公司都有100-200名职工，大量文化水平低的人和不懂业务的人充满种子公司，费用大增，许多有能力的人又进不了种子公司，国有种子公司人员素质急剧下降，少数人干活养着多数干不了活的人，公司利润越来越少亏损越来越大，包袱越来越重。
5、资产不良，负债严重。长期微利服务，国有种子公司资产规模都比较小，流动资金主要靠银行贷款，种子市场转为买方市场后，跨地区竞争使一些规模相对较大的种子公司出现了严重的亏损，国家种子工程资助了许多国有种子公司，部分种子公司以此为资本，参与激烈的市场竞争，结果被牢牢套死，据估计，目前，有近三成的国有种子公司已严重资不抵债，约70%左右的国有种子公司资产质量处于不良状态，面临较大的财务风险，多数缺乏参与市场竞争的资本实力。
6、育繁销脱节、缺陷严重。大部分国有种子公司业务能力差，有的只能进行基地生产，缺少建全的加工仓贮设施；有的生产加工能力较强，但没有相应的营销网络；有的育种实力雄厚而没有生产基地与加工设施；有的生产销售都有实力却没有品种开发的能力。国有种子公司内部育繁销不配套，核心竞争力很弱。这些问题使国有种子公司处于较低的管理水平，结构不合理，创新能力差，经济实力弱，低效益运转，在市场化的过程中竞争力不强，经济效益不佳。
痛下决心 从根本上扭转国有种子公司的被动局面
面对国有种子公司遇到的冲击和存在的问题，国有种子公司的领导和员工感到了巨大的压力，同时，也激发起许多有识之士二次创业的强烈愿望和决心，大家普遍认为挑战与机遇是并存的，在想方设法扭转被动局面。然而，由于各地条件不同，人们所处的地位各异，大家对国有种子公司的出路认识也不同。有的人认为，国有种子公司的历史使命已经结束，应该退出历史舞台，尽快全面实行民营；有的人认为，应该对国有种子公司进行股份制改造，通过股权多元化和社会融资使国有种子公司得以生存和得到发展；还有人认为，应该把国有种子公司组织起来形成大的种业集团等等。到底应该怎么办？《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》为国有企业的改革和发展指明了方向，明确提出了国有企业改革和发展的主要目标与指导方针以及具体要求，对种子行业国有企业的改革与发展同样有着十分重要的现实意义和深远的历史意义。种子行业国有企业同其它行业国有企业相比，规模相对更小，对政府的依赖性更强，这就要求我们下更大的决心，花更大的力气解决好这些企业的问题。
1、各级政府要正视国有种子公司面临的问题，从根本上彻底解决国有种子公司政企不分、政事不分的问题，所有国有种子公司都应成为独立的企业法人，政府通过出资人对企业行使所有者职能，不干预企业的日常经营活动，并努力为企业创造良好的外部环境。
2、在国有经济布局进行战略性调整的过程中，种子行业不应确定为国有经济全面退出的行业，因为，种子行业面对的是我国最基础的产业—农业和最小的生产单位—农户，为他们提供的是最重要的生产资料—种子和农民最需要社会给予的—服务，关系着农业增收、社会稳定的大局，国有经济应在这个行业中发挥重要的引导、平衡和控制作用。
