第一阶段：“九五”以前，种子行业的管理体制是完全的计划管理体制，科研、繁种、推广和经营是完全割裂的四个环节，各司其职，该种模式完全不利于种子行业的发展。
第二阶段：“九五”到2000年，国家开始实施“种子工程”以后，开始使种子行业向市场化方向发展，行业的各个环节开始融合，市场上开始出现各种类型的种子公司，开始出现能够覆盖制种、加工、推广和销售等多环节的种子公司，但是市场上各类种子公司良莠不齐，贩卖假种劣种、坑农害农的现象时有发生，也严重阻碍了行业的健康发展。
第三阶段：从2000年《种子法》颁布至今，种子行业开始真正进入市场化阶段，《种子法》对种子公司的经营范围、注册资本、种子品种的审定、注册和登记、品种保护等都作了详细的规定。由此开始，我国的种子公司开始进入整合期，没有实力的公司逐渐被淘汰，种子市场开始通过整合少数有实力的企业不断发展壮大。
